在两相厌氧消化工艺中，使产酸相和产甲烷相有效分离的途径有以下3种。
(1）投加抑制剂法在产酸相中通过某种条件对产甲烷菌进行选择性抑制。如投加抑制剂、控制微量氧，调节氧化还原电位和 pH 值等。李白昆等采用将产酸相 pH 值控制在4.0~5.0的办法实现了两相分离。但该方法对下一阶段的产甲烷菌有抑制作用，不宜采用。
(2）用渗析的方法实现产酸菌和产甲烷菌的分离管运涛等采用在产酸相和产甲烷相之间加膜分离单元的方法进行相分离，由于膜孔径过大和产酸相 HRT 选择不当，相分离的效果不理想。 Dong Hakim 等直径为0.2~10pm的软性微生物过滤膜实现了产酸相和产甲烷相的分离，以淀粉为主要基质的试验研究表明产酸相的效率大大提高。该方法目前还处于研究阶段，因技术条件和经济成本等困难而无法满足实际工程的需要。
(3）动力学控制法通过动力参数（如有机负荷率、停留时间等）的调控实现产酸菌和产甲烷菌的有效分离。
由于产酸菌和产甲烷菌在生长速率上存在着很大的差异，一般来说，产酸菌的生长速率很快，其世代时间较短；而产甲烷菌的生长很缓慢，其世代时间相当长。因此，将产酸相反应器的水力停留时间控制在一个较短的范围内，可以使世代时间较长的产甲烷菌被"冲出",从而保证产酸相反应器中选择性地培养出产酸和发酵细菌为主的菌群，而在后续的产甲烷相反应器中则控制相对较长的水力停留时间，使得产甲烷菌在其中也能存留下来，同时由于产甲烷相反应器的进水是来自产酸相反应器的含有很高比例有机酸的废水，这就保证了在产甲烷相反应器中产甲烷菌的生长，最终实现相的分离。
第1种方法因对后续反应相有影响而应该慎重使用；第2种方法很有发展前景，但现在还不能推广应用于工程中；第3种方法易于实现且不会对后续反应过程有不利影响，目前被普遍采用。
尽管在这里我们介绍了几种实现相分离的方法，但是实际上，不管采用哪种方法，都只能在一定程度上实现相的分离，而不可能实现绝对的相分离。
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